Den marine lovgivning og havforvaltning i Danmark er kun i begrænset omfang gearet til at håndtere de stigende trusler. Der er udfordringer med miljøvurderinger og værdisætning af natur og miljø på en meningsfuld måde. Der bør være bedre sammenhæng i forvaltningen, så den ikke er sektoropdelt, og vi ser økosystemerne som enheder i en integreret havforvaltning og i hele havområder som f.eks. hele Nordsøen og hele Kattegat.

Beskyttede områder kan spille en særlig rolle for opretholdelsen af havets biodiversitet. I sådanne områder er det muligt at beskytte både levesteder, bestande og vigtige processer samtidigt og dermed imødegå flere presfaktorer på en gang. Biodiversitet beskyttes bedst, når naturen har mulighed for at udvikle sig på egne præmisser, hvilket i praksis betyder, at direkte menneskelige påvirkninger fjernes. Beskyttede områder er på lang sigt tillige en fordel for fiskeriet.

Det er navnlig kvælstof som i dag påvirker havmiljøet og navnlig kystvandene negativt. Reduktion af udledningerne er gået i stå eller endda afløst af en stigning nogle år. Der bør ske en reduktion hurtigst muligt. Det vil kræve udtagning af landbrugsjord i betydeligt omfang. Selv med en væsentlig reduktion vil det tage årtier, før de negative effekter i havmiljøet forsvinder.

Der bør arbejdes på at udvikle mere skånsomt trawludstyr, der sikrer, at forstyrrelsen fra kommercielt fiskeri reduceres. En handlemulighed er lukning af områder for bundtrawl samt fordeling af kvoter til specifikke fangstmetoder eller gennem havplanen at reservere produktive havarealer til fiskeri alene med naturskånsomme redskaber. Endvidere mere præcis dokumentation for, hvor fiskeriet foregår, og mere effektiv forvaltning af bundslæbende redskaber i lukkede områder.