Danmark er oprindelig rig på skov, vådområder og kystnatur, men bebyggelse, infrastruktur og landbrug har trængt den urørte natur tilbage. Størstedelen af Danmarks areal bruges nu i stedet på fødevareproduktion. Især husdyrproduktionen og den tilhørende foderproduktion er arealkrævende. Skovene er hjemsted for de fleste af Danmarks truede arter, hvorfor f.eks. tab af gammel skov, har haft store negative konsekvenser for biodiversiteten. 

Omkring 20% af Danmarks samlede areal består af lavbundsjorde, som for en stor dels vedkommende er drænede med landbrug (eller skovbrug) som formål. Søer, vandhuller, moser, kær, væld, vandløb og andre våde levesteder er meget vigtige levesteder og er ofte karakteriseret ved en høj forekomst af mange unikke plante-, dyre- og svampearter. 

I takt med forringelse af den danske biodiversitet er mange økosystemers nøglearter uddøde eller fortrængt fra landet. Det betyder, at de naturlige processer der sker, som følge af arternes funktion i økosystemet, enten mindskes eller forsvinder helt. Processerne kan omfatte omsætning af organisk materiale, spredning af frø og forstyrrelser som f.eks. græsning, som andre arter kan være afhængige af. 

Udledning af næringsstoffer og miljøfremmede stoffer i den danske natur, sker oftest i forbindelse med brug af gødning og plantebeskyttelsesmidler i landbruget. Regulering af disse miljøforstyrrende stoffer kan ske ad politisk vej. Ofte vil landbrugsøkonomiske interesser tale imod begrænsninger.